As prisões foram decretadas no dia 20 de fevereiro pela juíza da 1ª Vara do Júri, Danielle Pontes de Arruda Pinheiro, atendendo a pedido do Ministério Público do Estado do Ceará (MPCE), por meio da 1ª Promotoria de Justiça do Júri. O caso, que inicialmente tramitava na 5ª Vara Criminal do Fórum Clóvis Beviláqua, foi redistribuído para a 1ª Vara do Júri. Além da prisão dos quatro PMs, o MPCE também requereu que fosse preso preventivamente o empresário Severino Almeida Chaves, conhecido por “Ceará”, dono do posto de combustível onde João Paulo trabalhava. Acusado de ser o mandante do crime, ele não foi localizado nas diligências realizadas pela Delegacia de Capturas e é considerado foragido.

Com a redistribuição, o titular da 1ª Promotoria de Justiça do Júri, Marcus Renan Palácio, aditou a denúncia inicial que acusava os policiais por extorsão mediante sequestro, seguida de morte. Com o aditamento, os PMs foram acusados dos crimes de sequestro, tortura, homicídio e roubo da moto do frentista. Além disso, o empresário Severino Almeida Chaves foi incluído no processo e acusado como mandante do crime de homicídio, sendo requerida a prisão preventiva dos cinco no último dia 1º.

As prisões preventivas dos PMs e do empresário Severino Almeida Chaves foram requeridas argumentando a periculosidade e os antecedentes criminais dos acusados, que respondem a vários processos criminais, inclusive outros homicídios. Os policiais já haviam sido presos preventivamente: Francisco Wanderley Alves da Silva, Antônio Ferreira Barbosa Júnior e Elidson Timóteo Valentim foram presos no dia 8 de outubro de 2015 e Haroldo Cardoso da Silva, em 10 de novembro de 2015. No dia 21 de setembro de 2016, foi concedida liberdade provisória com monitoramento eletrônico aos quatro.

Na última vez em que foi visto, em 30 de setembro de 2015, João Paulo entrava, algemado, em um carro com quatro homens que, de acordo com a investigação da Delegacia de Assuntos Internos (DAI), da Controladoria Geral de Disciplina (CGD) seriam os PMs. Uma câmera de vigilância flagrou a ação.

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