As Procuradorias de Justiça são órgãos da administração do Ministério Público, com cargos de procurador de Justiça, assessores e serviços auxiliares necessários ao desempenho das funções que lhes forem cometidas por esta Lei Complementar. Atuam em procedimentos que tramitam na segunda instância do Poder Judiciário. Seja nas esferas cível, criminal ou ainda em pedidos de habeas corpus e mandados de segurança cível e criminais, e crimes contra a administração pública e outros que lhe sejam conexos, os procuradores de Justiça detêm o conhecimento necessário para buscar resultados que, efetivamente, se traduzam em benefícios à sociedade, alinhando-se à mais importante missão do MPCE.

As Procuradorias de Justiça dispõem de 57 cargos de procuradores de Justiça e serviços auxiliares necessários ao desempenho de suas funções, sendo regulamentadas pelo Ato Administrativo nº 01/1996, alterado pelos Atos Normativos nº 001/2008 e 001/2010, e Resoluções nº 44/2017, 049/2018 e 121/2023, editados pelo Colégio de Procuradores de Justiça do Ministério Público do Estado do Ceará.

A Procuradoria de Justiça Cível,  com 27 procuradores, tem atribuição de oficiar junto às Sessões de Direito Público e das Sessões de Direito Privado, das Câmaras de Direito Público e de Direito Privado do Tribunal de Justiça do Estado do Ceará.

A Procuradoria de Justiça Criminal, com 30 procuradores, tem atribuição de oficiar junto às Câmaras Criminais Isoladas. Já o coordenador da Procuradoria de Justiça dos Crimes contra a Administração Pública (PROCAP) oficia junto à Sessão Criminal do Tribunal de Justiça do Estado do Ceará.

Os serviços administrativos das Secretarias Executivas Cível e Criminal são dirigidos por procurador de Justiça Cível e por procurador de Justiça Criminal, respectivamente, a quem compete coordenar os trabalhos administrativos das Secretarias Executivas, além de supervisionar a distribuição de processos relativos aos recursos cíveis e criminais advindos do TJCE, cabendo à Secretaria de Processos da Procuradoria Geral de Justiça emprestar suporte administrativo para fins de otimização dos trabalhos das mencionadas Secretarias Executivas.